L’agricoltura biologica svolge un compito molto importante nella conservazione e implementazione della biodiversità e delle caratteristiche ambientali. Il concetto di biodiversità è un principio fondamentale dell’agricoltura biologica: ogni organismo vivente viene tenuto in considerazione, dal più piccolo microrganismo che vive nel terreno al più imponente albero. Per questa ragione, ogni anello della catena di produzione dei prodotti biologici è studiato per mantenere e, dove è possibile, incrementare la diversità delle piante e degli animali. La maggior parte delle pratiche agronomiche impiegate in agricoltura biologica, infatti, influisce positivamente sulla biodiversità; ad esempio, l’impiego di concimi organici e il divieto di impiegare pesticidi e fertilizzanti sintetici incrementano la biodiversità del suolo e quindi aumentano la concentrazione dei microrganismi, Anellidi, Artropodi, Nematodi ecc., che vivono nel terreno; l’adozione della rotazione delle colture, con un’appropriata scelta delle varietà, aumenta la biodiversità a livello genetico e specifico; la scelta di coltivare varietà locali di piante e razze autoctone di animali induce a mantenere e a tutelare la biodiversità e le peculiarità delle differenti aree territoriali; infine, l’introduzione di nemici naturali dei parassiti e delle infestanti (lotta biologica), piuttosto che l’uso di fitofarmaci, aiuta ad incrementare la vita animale. Perciò, l’applicazione corretta del metodo dell’agricoltura biologica rappresenta di per sé uno strumento di conservazione della biodiversità sia naturale che rurale.